Πίσω από τη πλατεία του Αγίου Σπυρίδωνα ανεβαίνοντας μια από τις δρομόσκαλες του ψαρομαχαλά συναντάμε τη Καθολική Εκκλησία, γνωστή ως «Φραγκοκκλησιά». Τα χρόνια της Φραγκοκρατίας, ο ναός θα πρέπει να χρησίμευε ως καθολικό γυναικείας μονής του τάγματος των Φραγκισκανών.
Αργότερα όταν το Ναύπλιο ήταν υπό τουρκική κυριαρχία, η χήρα του Αγά-πασά, Φατμέ, ανακαίνισε το ναό, που είχε στο μεταξύ ερειπωθεί, στη μνήμη του συζύγου της. Μάλιστα ο ναός ακόμα και σήμερα διατηρεί την όψη τζαμιού, τόσο εξωτερικά με τις βαριές αναλογίες του και τον χαμηλό του τρούλο, όσο και εσωτερικά.
Το 1839 ο βασιλιάς Όθωνας παραχώρησε το ναό στην Καθολική Εκκλησία, μεριμνώντας για τους Έλληνες καθολικούς και για τους ξένους Φιλέλληνες που βοήθησαν την Ελλάδα στον Αγώνα της Ανεξαρτησίας, αλλά και για τους Βαυαρούς στρατιώτες που ανήκαν στην ακολουθία του. Στον Όθωνα οφείλεται η αφιέρωση του ναού στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος, για να θυμίζει τη μεταμόρφωση της Ελλάδος μετά την απελευθέρωση της χώρας από τον τουρκικό ζυγό.
Στο εσωτερικό του ναού,εχει ενδιαφέρον η αψίδα των Φιλελλήνων και ο πίνακας με την Αγία Οικογένεια.
Η λιτή ξύλινη αψίδα, δώρο του Γάλλου αξιωματικού και θερμού φιλέλληνα Αυγούστου Ιλαρίωνα Τουρέ, κοσμεί την εσωτερική πλευρά της εισόδου του ναού και χρονολογείται το 1841. Στους κίονες έχουν αναγραφεί ονόματα ξένων Φιλελλήνων.
Ο ναός κοσμείται επίσης από μεγάλο πίνακα που φέρει παράσταση της Αγίας Οικογένειας, αντίγραφο του σπουδαίου Ιταλού ζωγράφου της Αναγέννησης, Ραφαέλο. Η εικόνα δωρήθηκε στο ναό το 1843 από τον βασιλιά της Γαλλίας Φίλιππο.
Έξω από το ναό υπάρχει υπόγεια κρύπτη, όπου συγκεντρώθηκαν τα οστά των φιλελλήνων καθώς και των Βαυαρών στρατιωτών της ακολουθίας του Όθωνα, οι οποίοι είχαν πεθάνει από επιδημία τύφου τα έτη 1833 και 1834.
Ο καθολικός ναός λειτουργεί συνεχώς από το 1839 μέχρι σήμερα.